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Une armée d'extra-terrestres attaque la Terre et c'est en tant que leader d'une équipe d'élite que vous devez protéger l'humanité. S'inspirant du classique X-COM: UFO Defense, sorti en 1995 sur PC et des films d'extra-terrestres, X-COM, Enemy Unknown est un jeu de stratégie se jouant tour par tour. Vous devez gérer votre contre-offensive sur deux plans: macro (gérer vos bases) et micro (gérer vos combats).